Hercegovački ustanak je nastao kao posledica žestoke reakcije Srba na u krvi ugušen Banatski ustanak i strašnu osvetu Turaka na srpskom življu u rumelijskom vilajetu. Svakako da je i spaljivanje moštiju sv. Save koje je izazvalo veliki revolt u narodu i Crkvi imalo značajnog uticaja jer nakon njega sveštenstvo i jerarsi otvoreno i bezuslovno počinju da se suprostavljaju Turcima i turskoj okupaciji srpskih zemalja. U tom kontekstu treba i razmatrati delovanje i težnje srpskog patrijarha Jovana i arhiepiskopa Visariona II koji su nakon propasti Banatskog podstakli i podržali ustanak u Hercegovini 1596 god.
Ustanak je potekao iz manastira Tvrdoš, sedištu zahumsko-hercegovačkog episkopa Visariona II, i brzo se proširio čitavom Hercegovinom. Vojni zapovednik ustanika bio je vojvoda bratstva Nikšića Grdan Grbljanović, a pridružili su im se i hercegovačka bratstva Bjelopavlovići, Pivljani,Ridjani i Drobnjaci. Takodje i uskočke družine su dale svoj doprinos pa tako uskoci uspevaju da zauzmu Klišku tvrdjavu no ne i da je zadrže, već na početku ustanka tj. 8 aprila 1596 god. čime se ustanak širi i na Liku.
U više manjih i ograničenih sukoba tokom te i iduće godine ustanici su nadvladali i uspeli da proteraju Turke iz dobrog dela Hercegovine ali bez ikakve pomoći i podrške nisu mogli da se sami nose sa osmanlijama. U bitci god Gacka Turci ,vojno daleko nadmoćniji, predvodjeni iskusnim Derviš begom su savladali ustaničku vojsku.
Ipak uvidevši da sa surovim odmazdama kod pobunjenih Srba ne postižu ništa, naprotiv, Turci su se odlučili da nesvojstveno za njih daju oprost ustanicima štaviše čak i da zanemare učešće srpskih jerarha crkvenih, pa tako Ahmed paša Dugalić, bosanski beglerbeg, ostavlja Tvrdoš i posede vojvode Grdana i njega samog nedirnutim.
Nakon sloma ustanka vojvoda Grdan i patrijarh Jovan nastavljaju sa daljim podrivačkim i bundžijskim delovanjem do konca svojih života. Na kraju će patrijarh Jovan to platiti glavom – Turci su ga pozvali na Portu radi dogovora 1614 god. i tamo udavili. Grob mu se se nalazio negde u blizini Carigradske Jeni kapije no tokom minulih vekova nije dostojno niti obeležen niti , kako se čini, sačuvan.U svakom slučaju patrijarh Jovan ostaje zabeležen u istoriji kao prvi patrijarh srpski koji je nakon uspostavljanja Pećke patrijaršije pokušao da nadje nekakvo razumevanje i podršku za oslobodjenje srpskih zemalja, na žalost neuspešno, kod Rimskog pape, Klimenta VIII tačnije, i ondašnjih katoličkih vladara koji su trebali da se ujedine u borbi protiv Turaka - španskog kralja Filipa II, austrijskog nadvojvode Ferdinanda i savojskog hercega Karla Emanuela I.
"Naši ljudi bili su nesavesno uvučeni u ovu stvar. Izazivani su pre nego što je ma kakva stvarnija akcija bila u izgledu. Austrija, u čije se ime mnogo obećavalo, nije bila u mogućnosti da pokret ponese ni do Budima, a kamo li do Bosne ili Srbije; papska kurija nije uopšte dolazila vojnički u obzir; a Španija je imala svojih briga. Razne avanturiste i dobronamerne ali nedorasle diplomatske šeprtlje obaveštavale su netačno i obojeno obadve strane. Jednima su obećavali više nego što se moglo ispuniti, a drugima su pretstavljali prilike zrelijim nego što su bile. Proturalo se mnogo lažnih izveštaja; bilo je "petljanja" na više strana. Iako je ljuto stradao, naš svet, ipak, nije bio izgubio svu veru; u svojoj naivnoj čestitosti mislio je da su poruke i obećanja mogli biti ipak stvarniji nego što su ispadali u stvarnosti. Jedina pouka posle svega bila je samo ta da su postali više obazrivi. Turci, zauzeti u Ugarskoj, Hrvatskoj i na Primorju, bili su voljni da u nekoliko popuste, bar za taj momenat. U našim oblastima nije ovom prilikom nastradao nijedan od istaknutijih vođa; jedino je u Velesu 1598. god. bio posečen arhiepiskop Valom. "
Istorija srpskog naroda - Vladimir Ćorović
ŠESTI PERIOD, pogl. V. - Preokret u držanju Srba